Pengertian Bioinformatika
Bioinformatika adalah salah satu cabang baru ilmu
biologi yang merupakan perpaduan antara biologi dan teknologi informasi.
Menurut Durso (1997) bioinformatika adalah manajemen dan analisis
informasi biologis yang disimpan dalam database.
Ilmu ini mengajarkan aplikasi, analisis, dan mengorganisir miliaran
bit informasi genetik dalam sel mahluk hidup. Studi bioinformatika
terutama didukung uleh studi genomik, biologi komputasi, dan teknologi
komputer. Menurut Roderick (lihat Hieter & Boguski, 1997), genomik
adalah studi yang berhubungan dengan pemetaan, sekuen, dan analisis
genom. Walaupun belum jelas, secara umum Genomik bisa diartikan sebagai
penggunaan informasi genom secara sistematis, dengan data eksperimental
baru untuk menjawab permasalahan biologis, medis, maupun industri
(Jordan, 1999).
Bioinformatika sendiri mencakup kajian yang lebih mendalam dari
genomik. Dalam studi bioinformatika digunakan komputer yang mampu
menyimpan data dalam jumlah yang sangat banyak dan didukung berbagai
macam software untuk menganalisis jutaan data yang berasal dari mahluk
hidup.
Manfaat Bioinformatika
1. Bioinformatika dalam bidang Klinis
Perananan Bioinformatika dalam bidang klinis ini sering juga disebut
sebagai informatika klinis (clinical informatics). Aplikasi dari
clinical informatics ini adalah berbentuk manajemen data-data klinis
dari pasien melalui Electrical Medical Record (EMR) yang dikembangkan
oleh Clement J. McDonald dari Indiana University School of Medicine pada
tahun 1972. McDonald pertama kali mengaplikasikan EMR pada 33 orang
pasien penyakit gula (diabetes). Sekarang EMR ini telah diaplikasikan
pada berbagai penyakit. Data yang disimpan meliputi data analisa
diagnosa laboratorium, hasil konsultasi dan saran, foto ronsen, ukuran
detak jantung, dll. Dengan data ini dokter akan bisa menentukan obat
yang sesuai dengan kondisi pasien tertentu. Lebih jauh lagi, dengan
dibacanya genom manusia, akan memungkinkan untuk mengetahui penyakit
genetik seseorang, sehingga personal care terhadap pasien menjadi lebih
akurat.
2. Bioinformatika dalam bidang Virologi
Khusus di bidang Virologi (ilmu virus), kemajuan bioinformatika telah
berperan dalam mempercepat kemajuan ilmu ini. Sebelum kemajuan
bioinformatika, untuk mengklasifikasikan virus kita harus melihat
morfologinya terlebih dahulu. Untuk melihat morfologi virus dengan
akurat, biasanya digunakan mikroskop elektron yang harganya sangat mahal
sehingga tidak bisa dimiliki oleh semua laboratorium. Selain itu, kita
harus bisa mengisolasi dan mendapatkan virus itu sendiri.
3. Bioinformatika Untuk Penemuan Obat
Cara untuk menemukan obat biasanya dilakukan dengan menemukan
zat/senyawa yang dapat menekan perkembangbiakan suatu agent penyebab
penyakit. Karena perkembangbiakan agent tersebut dipengaruhi oleh banyak
faktor, maka faktor-faktor inilah yang dijadikan target. Diantaranya
adalah enzim-enzim yang diperlukan untuk perkembangbiakan suatu agent
Mula mula yang harus dilakukan adalah analisa struktur dan fungsi
enzim-enzim tersebut.Kemudian mencari atau mensintesa zat/senyawa yang
dapat menekan fungsi dari enzim-enzim tersebut.
4. Bioinformatika Untuk Identifikasi Agent Penyakit Baru
Bioinformatika juga menyediakan tool yang sangat penting untuk
identifikasi agent penyakit yang belum dikenal penyebabnya. Banyak
sekali penyakit baru yang muncul dalam dekade ini, dan diantaranya yang
masih hangat adalah SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome).
5. Bioinformatika Untuk Identifikasi Agent Penyakit Baru
Bioteknologi telah diterapkan secara luas dalam bidang pertanian, antara lain yaitu:
Pupuk Hayati (biofertiliser) yaitu suatu bahan yang berasal dari jasad
hidup, khususnya mikrobia yang digunakan untuk meningkatkan kuantitas
dan kualitas produksi tanaman.
Kultur in vitro, yaitu pembiakan tanaman dengan menggunakan bagian
tanaman yang ditumbuhkan pada media bernutrisi dalam kondisi aseptik.
Kultur in vitro memungkinkan perbanyakan tanaman secara massal dalam waktu yang singkat.
Teknologi DNA Rekombinaan, pengembangan tanaman transgenik, misalnya
galur tanaman transgenik yang membawa gen cry dari Bacillus
thuringiensis untuk pengendalian hama.
Cabang-Cabang Ilmu yang Terkait dengan Bioinformatika
1. Biophysics
Biophysics adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengaplikasikan
teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi
biologi (British Biophysical Society).
2. Computational Biology
Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti
yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik.
Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan
biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel.
3. Medical Informatics
Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics
adalah "sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai
pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma
untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi
medis."
4. Cheminformatics
Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan
biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan
pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute's Sixth Annual
Cheminformatics conference).
5. Genomics
Genomics adalah setiap usaha untuk menganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih.
6. Mathematical Biology
Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology
melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan
sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan
tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul.
7. Proteomics
Ilmu yang mempelajari proteome, yang disebut proteomics, pada saat ini
tidak hanya memperhatikan semua protein di dalam sel yang diberikan,
tetapi juga himpunan dari semua bentuk isoform dan modifikasi dari semua
protein, interaksi diantaranya, deskripsi struktural dari
proteinprotein dan kompleks-kompleks orde tingkat tinggi dari protein,
dan mengenai masalah tersebut hampir semua pasca genom.
8. Pharmacogenomics
Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi
pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya menyelidiki bentuk
pola dari ekspresi gen di dalam baik patogen maupun induk selama
terjadinya infeksi, atau maupun dengan memeriksa karakteristik pola-pola
ekspresi yang ditemukan dalam tumor atau contoh dari pasien untuk
kepentingan diagnosa (kemungkinan untuk mengejar target potensial terapi
kanker).
9. Pharmacogenetics
Tiap individu mempunyai respon yang berbeda-beda terhadap berbagai
pengaruh obat; sebagian ada yang positif, sebagian ada yang sedikit
perubahan yang tampak pada kondisi mereka dan ada juga yang mendapatkan
efek samping atau reaksi alergi. Sebagian dari reaksi-reaksi ini
diketahui mempunyai dasar genetik yang dipelajari dalam
Pharmacogenetics.
Sumber :
Cabang-cabang
Bioninformatika
Dari pengertian Bioinformatika yang telah dijelaskan, kita dapat
menemukan banyak terdapat banyak cabang-cabang disiplin ilmu yang
terkait dengan Bioinformatika, terutama karena bioinformatika itu
sendiri merupakan suatu bidang interdisipliner. Hal tersebut menimbulkan
banyak pilihan bagi orang yang ingin mendalami Bioinformatika.
1. Biophysics
Adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik
dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British
Biophysical Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika
karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur
membutuhkan penggunaan TI
2. Computational Biology
Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti
yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik.
Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan
biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel(Attwood, T.K.,
dan D.J. Parry-Smith. 1999)
3. Medical Informatics
Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics
adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai
pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma
untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi
medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma
untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri.
Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan
dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
4. Cheminformatics
Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan
biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan
pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual
Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI untuk
merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang
terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan
merupakan suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli
biokimia(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999
5. Genomics
Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom,
kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha
untukmenganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu
spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan
genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari
gen di dalam genom yang representatif (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999)
6. Mathematical Biology
Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun
metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu
secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun
hardware (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology
melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan
sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan
tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul (Attwood,
T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
7. Proteomics
Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan
dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn
[DUNN2004], mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin
complement of the genOME“. Dan mendefinisikan proteomicsberkaitan
dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level
dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka
antara biokimia protein dengan biologi molekul” (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
8. Pharmacogenomics
Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi
pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring
semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara
Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di
dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun
dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam
tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan
untuk mengejar target potensial terapi kanker) (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
Istilah pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih
“trivial” — tetapi dapat diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi
pendekatan Bioinformatika pada pengkatalogan dan pemrosesan informasi
yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan Genetika, untuk contohnya adalah
pengumpulan informasi pasien dalam database (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
9. Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan
metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan
genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik
dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi
tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi
pengobatan (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Gambaran dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika
di atas memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang
sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya.
Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan
disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Beberapa aplikasi bioinformatika
1. Transformasi sekuen menjadi informasi genetik.
Intinya adalah menjual data, dalam bentuk gen komplit, atau fragmen,
yang dapat digunakan oleh pihak lain untuk mencari potensi terhadap gen
tersebut
2. Pasien sebagai komoditas
Pasien dengan kecenderungan terhadap penyakit tertentu dapat diketahui,
sehingga mudah sekali bagi perusahaan oba untuk menawarkan produknya.
3. Mencari potensi gen
Potensi dari sebuah gen sangat beragam, bergantung pada ekspresi gen
tersebut. Aplikasi lebih lanjut dapat berupa transgenik, terapi genetik,
atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan geneik lainnya.
Bioinformatika Di Indonesia
Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan
bioinformatika sudah diajarkan dibeberapa perguruan tinggi di Indonesia.
Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah “Pengantar
Bioinformatika” untuk program Sarjana dan mata kuliah Bioinformatikan
untuk program Pascasarjana (www.id.wikipedia.org)
Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata
kuliah “Pengantar Bioinformatika”. Mata kuliah “Bioinformatika”
diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas
Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah “Proteomik dan Bioinformatika”
termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada
(UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus
beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,
biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain
itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah
dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program
pascasarjana biologi serta bioteknologi IP
Today Deal $50 Off :
https://goo.gl/efW8Ef
Cabang-cabang
Bioninformatika
Dari pengertian Bioinformatika yang telah dijelaskan, kita dapat
menemukan banyak terdapat banyak cabang-cabang disiplin ilmu yang
terkait dengan Bioinformatika, terutama karena bioinformatika itu
sendiri merupakan suatu bidang interdisipliner. Hal tersebut menimbulkan
banyak pilihan bagi orang yang ingin mendalami Bioinformatika.
1. Biophysics
Adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik
dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British
Biophysical Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika
karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur
membutuhkan penggunaan TI
2. Computational Biology
Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti
yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik.
Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan
biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel(Attwood, T.K.,
dan D.J. Parry-Smith. 1999)
3. Medical Informatics
Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics
adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai
pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma
untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi
medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma
untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri.
Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan
dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
4. Cheminformatics
Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan
biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan
pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual
Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI untuk
merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang
terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan
merupakan suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli
biokimia(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999
5. Genomics
Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom,
kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha
untukmenganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu
spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan
genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari
gen di dalam genom yang representatif (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999)
6. Mathematical Biology
Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun
metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu
secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun
hardware (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology
melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan
sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan
tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul (Attwood,
T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
7. Proteomics
Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan
dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn
[DUNN2004], mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin
complement of the genOME“. Dan mendefinisikan proteomicsberkaitan
dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level
dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka
antara biokimia protein dengan biologi molekul” (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
8. Pharmacogenomics
Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi
pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring
semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara
Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di
dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun
dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam
tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan
untuk mengejar target potensial terapi kanker) (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
Istilah pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih
“trivial” — tetapi dapat diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi
pendekatan Bioinformatika pada pengkatalogan dan pemrosesan informasi
yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan Genetika, untuk contohnya adalah
pengumpulan informasi pasien dalam database (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
9. Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan
metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan
genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik
dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi
tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi
pengobatan (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Gambaran dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika
di atas memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang
sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya.
Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan
disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Beberapa aplikasi bioinformatika
1. Transformasi sekuen menjadi informasi genetik.
Intinya adalah menjual data, dalam bentuk gen komplit, atau fragmen,
yang dapat digunakan oleh pihak lain untuk mencari potensi terhadap gen
tersebut
2. Pasien sebagai komoditas
Pasien dengan kecenderungan terhadap penyakit tertentu dapat diketahui,
sehingga mudah sekali bagi perusahaan oba untuk menawarkan produknya.
3. Mencari potensi gen
Potensi dari sebuah gen sangat beragam, bergantung pada ekspresi gen
tersebut. Aplikasi lebih lanjut dapat berupa transgenik, terapi genetik,
atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan geneik lainnya.
Bioinformatika Di Indonesia
Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan
bioinformatika sudah diajarkan dibeberapa perguruan tinggi di Indonesia.
Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah “Pengantar
Bioinformatika” untuk program Sarjana dan mata kuliah Bioinformatikan
untuk program Pascasarjana (www.id.wikipedia.org)
Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata
kuliah “Pengantar Bioinformatika”. Mata kuliah “Bioinformatika”
diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas
Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah “Proteomik dan Bioinformatika”
termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada
(UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus
beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,
biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain
itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah
dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program
pascasarjana biologi serta bioteknologi IP
Today Deal $50 Off :
https://goo.gl/efW8Ef
Cabang-cabang
Bioninformatika
Dari pengertian Bioinformatika yang telah dijelaskan, kita dapat
menemukan banyak terdapat banyak cabang-cabang disiplin ilmu yang
terkait dengan Bioinformatika, terutama karena bioinformatika itu
sendiri merupakan suatu bidang interdisipliner. Hal tersebut menimbulkan
banyak pilihan bagi orang yang ingin mendalami Bioinformatika.
1. Biophysics
Adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik
dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British
Biophysical Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika
karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur
membutuhkan penggunaan TI
2. Computational Biology
Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti
yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik.
Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan
biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel(Attwood, T.K.,
dan D.J. Parry-Smith. 1999)
3. Medical Informatics
Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics
adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai
pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma
untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi
medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma
untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri.
Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan
dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
4. Cheminformatics
Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan
biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan
pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual
Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI untuk
merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang
terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan
merupakan suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli
biokimia(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999
5. Genomics
Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom,
kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha
untukmenganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu
spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan
genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari
gen di dalam genom yang representatif (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999)
6. Mathematical Biology
Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun
metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu
secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun
hardware (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology
melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan
sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan
tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul (Attwood,
T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
7. Proteomics
Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan
dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn
[DUNN2004], mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin
complement of the genOME“. Dan mendefinisikan proteomicsberkaitan
dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level
dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka
antara biokimia protein dengan biologi molekul” (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
8. Pharmacogenomics
Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi
pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring
semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara
Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di
dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun
dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam
tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan
untuk mengejar target potensial terapi kanker) (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
Istilah pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih
“trivial” — tetapi dapat diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi
pendekatan Bioinformatika pada pengkatalogan dan pemrosesan informasi
yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan Genetika, untuk contohnya adalah
pengumpulan informasi pasien dalam database (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
9. Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan
metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan
genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik
dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi
tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi
pengobatan (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Gambaran dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika
di atas memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang
sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya.
Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan
disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Beberapa aplikasi bioinformatika
1. Transformasi sekuen menjadi informasi genetik.
Intinya adalah menjual data, dalam bentuk gen komplit, atau fragmen,
yang dapat digunakan oleh pihak lain untuk mencari potensi terhadap gen
tersebut
2. Pasien sebagai komoditas
Pasien dengan kecenderungan terhadap penyakit tertentu dapat diketahui,
sehingga mudah sekali bagi perusahaan oba untuk menawarkan produknya.
3. Mencari potensi gen
Potensi dari sebuah gen sangat beragam, bergantung pada ekspresi gen
tersebut. Aplikasi lebih lanjut dapat berupa transgenik, terapi genetik,
atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan geneik lainnya.
Bioinformatika Di Indonesia
Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan
bioinformatika sudah diajarkan dibeberapa perguruan tinggi di Indonesia.
Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah “Pengantar
Bioinformatika” untuk program Sarjana dan mata kuliah Bioinformatikan
untuk program Pascasarjana (www.id.wikipedia.org)
Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata
kuliah “Pengantar Bioinformatika”. Mata kuliah “Bioinformatika”
diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas
Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah “Proteomik dan Bioinformatika”
termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada
(UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus
beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,
biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain
itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah
dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program
pascasarjana biologi serta bioteknologi IP
Today Deal $50 Off :
https://goo.gl/efW8Ef
Cabang-cabang
Bioninformatika
Dari pengertian Bioinformatika yang telah dijelaskan, kita dapat
menemukan banyak terdapat banyak cabang-cabang disiplin ilmu yang
terkait dengan Bioinformatika, terutama karena bioinformatika itu
sendiri merupakan suatu bidang interdisipliner. Hal tersebut menimbulkan
banyak pilihan bagi orang yang ingin mendalami Bioinformatika.
1. Biophysics
Adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik
dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British
Biophysical Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika
karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur
membutuhkan penggunaan TI
2. Computational Biology
Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti
yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik.
Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan
biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel(Attwood, T.K.,
dan D.J. Parry-Smith. 1999)
3. Medical Informatics
Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics
adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai
pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma
untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi
medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma
untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri.
Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan
dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
4. Cheminformatics
Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan
biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan
pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual
Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI untuk
merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang
terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan
merupakan suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli
biokimia(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999
5. Genomics
Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom,
kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha
untukmenganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu
spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan
genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari
gen di dalam genom yang representatif (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999)
6. Mathematical Biology
Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun
metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu
secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun
hardware (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology
melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan
sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan
tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul (Attwood,
T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
7. Proteomics
Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan
dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn
[DUNN2004], mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin
complement of the genOME“. Dan mendefinisikan proteomicsberkaitan
dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level
dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka
antara biokimia protein dengan biologi molekul” (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
8. Pharmacogenomics
Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi
pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring
semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara
Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di
dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun
dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam
tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan
untuk mengejar target potensial terapi kanker) (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
Istilah pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih
“trivial” — tetapi dapat diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi
pendekatan Bioinformatika pada pengkatalogan dan pemrosesan informasi
yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan Genetika, untuk contohnya adalah
pengumpulan informasi pasien dalam database (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
9. Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan
metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan
genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik
dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi
tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi
pengobatan (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Gambaran dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika
di atas memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang
sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya.
Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan
disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Beberapa aplikasi bioinformatika
1. Transformasi sekuen menjadi informasi genetik.
Intinya adalah menjual data, dalam bentuk gen komplit, atau fragmen,
yang dapat digunakan oleh pihak lain untuk mencari potensi terhadap gen
tersebut
2. Pasien sebagai komoditas
Pasien dengan kecenderungan terhadap penyakit tertentu dapat diketahui,
sehingga mudah sekali bagi perusahaan oba untuk menawarkan produknya.
3. Mencari potensi gen
Potensi dari sebuah gen sangat beragam, bergantung pada ekspresi gen
tersebut. Aplikasi lebih lanjut dapat berupa transgenik, terapi genetik,
atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan geneik lainnya.
Bioinformatika Di Indonesia
Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan
bioinformatika sudah diajarkan dibeberapa perguruan tinggi di Indonesia.
Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah “Pengantar
Bioinformatika” untuk program Sarjana dan mata kuliah Bioinformatikan
untuk program Pascasarjana (www.id.wikipedia.org)
Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata
kuliah “Pengantar Bioinformatika”. Mata kuliah “Bioinformatika”
diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas
Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah “Proteomik dan Bioinformatika”
termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada
(UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus
beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,
biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain
itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah
dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program
pascasarjana biologi serta bioteknologi IP
Today Deal $50 Off :
https://goo.gl/efW8Ef
Cabang-cabang
Bioninformatika
Dari pengertian Bioinformatika yang telah dijelaskan, kita dapat
menemukan banyak terdapat banyak cabang-cabang disiplin ilmu yang
terkait dengan Bioinformatika, terutama karena bioinformatika itu
sendiri merupakan suatu bidang interdisipliner. Hal tersebut menimbulkan
banyak pilihan bagi orang yang ingin mendalami Bioinformatika.
1. Biophysics
Adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik
dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British
Biophysical Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika
karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur
membutuhkan penggunaan TI
2. Computational Biology
Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti
yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik.
Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan
biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel(Attwood, T.K.,
dan D.J. Parry-Smith. 1999)
3. Medical Informatics
Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics
adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai
pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma
untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi
medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma
untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri.
Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan
dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
4. Cheminformatics
Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan
biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan
pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual
Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI untuk
merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang
terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan
merupakan suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli
biokimia(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999
5. Genomics
Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom,
kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha
untukmenganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu
spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan
genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari
gen di dalam genom yang representatif (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999)
6. Mathematical Biology
Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun
metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu
secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun
hardware (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology
melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan
sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan
tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul (Attwood,
T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
7. Proteomics
Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan
dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn
[DUNN2004], mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin
complement of the genOME“. Dan mendefinisikan proteomicsberkaitan
dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level
dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka
antara biokimia protein dengan biologi molekul” (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
8. Pharmacogenomics
Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi
pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring
semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara
Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di
dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun
dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam
tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan
untuk mengejar target potensial terapi kanker) (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
Istilah pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih
“trivial” — tetapi dapat diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi
pendekatan Bioinformatika pada pengkatalogan dan pemrosesan informasi
yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan Genetika, untuk contohnya adalah
pengumpulan informasi pasien dalam database (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
9. Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan
metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan
genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik
dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi
tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi
pengobatan (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Gambaran dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika
di atas memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang
sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya.
Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan
disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Beberapa aplikasi bioinformatika
1. Transformasi sekuen menjadi informasi genetik.
Intinya adalah menjual data, dalam bentuk gen komplit, atau fragmen,
yang dapat digunakan oleh pihak lain untuk mencari potensi terhadap gen
tersebut
2. Pasien sebagai komoditas
Pasien dengan kecenderungan terhadap penyakit tertentu dapat diketahui,
sehingga mudah sekali bagi perusahaan oba untuk menawarkan produknya.
3. Mencari potensi gen
Potensi dari sebuah gen sangat beragam, bergantung pada ekspresi gen
tersebut. Aplikasi lebih lanjut dapat berupa transgenik, terapi genetik,
atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan geneik lainnya.
Bioinformatika Di Indonesia
Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan
bioinformatika sudah diajarkan dibeberapa perguruan tinggi di Indonesia.
Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah “Pengantar
Bioinformatika” untuk program Sarjana dan mata kuliah Bioinformatikan
untuk program Pascasarjana (www.id.wikipedia.org)
Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata
kuliah “Pengantar Bioinformatika”. Mata kuliah “Bioinformatika”
diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas
Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah “Proteomik dan Bioinformatika”
termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada
(UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus
beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,
biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain
itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah
dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program
pascasarjana biologi serta bioteknologi IP
Today Deal $50 Off :
https://goo.gl/efW8Ef
Cabang-cabang
Bioninformatika
Dari pengertian Bioinformatika yang telah dijelaskan, kita dapat
menemukan banyak terdapat banyak cabang-cabang disiplin ilmu yang
terkait dengan Bioinformatika, terutama karena bioinformatika itu
sendiri merupakan suatu bidang interdisipliner. Hal tersebut menimbulkan
banyak pilihan bagi orang yang ingin mendalami Bioinformatika.
1. Biophysics
Adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik
dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British
Biophysical Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika
karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur
membutuhkan penggunaan TI
2. Computational Biology
Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti
yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik.
Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan
biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel(Attwood, T.K.,
dan D.J. Parry-Smith. 1999)
3. Medical Informatics
Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics
adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai
pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma
untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi
medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma
untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri.
Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan
dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
4. Cheminformatics
Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan
biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan
pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual
Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI untuk
merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang
terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan
merupakan suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli
biokimia(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999
5. Genomics
Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom,
kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha
untukmenganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu
spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan
genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari
gen di dalam genom yang representatif (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999)
6. Mathematical Biology
Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun
metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu
secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun
hardware (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology
melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan
sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan
tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul (Attwood,
T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
7. Proteomics
Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan
dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn
[DUNN2004], mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin
complement of the genOME“. Dan mendefinisikan proteomicsberkaitan
dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level
dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka
antara biokimia protein dengan biologi molekul” (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
8. Pharmacogenomics
Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi
pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring
semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara
Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di
dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun
dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam
tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan
untuk mengejar target potensial terapi kanker) (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
Istilah pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih
“trivial” — tetapi dapat diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi
pendekatan Bioinformatika pada pengkatalogan dan pemrosesan informasi
yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan Genetika, untuk contohnya adalah
pengumpulan informasi pasien dalam database (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
9. Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan
metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan
genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik
dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi
tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi
pengobatan (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Gambaran dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika
di atas memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang
sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya.
Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan
disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Beberapa aplikasi bioinformatika
1. Transformasi sekuen menjadi informasi genetik.
Intinya adalah menjual data, dalam bentuk gen komplit, atau fragmen,
yang dapat digunakan oleh pihak lain untuk mencari potensi terhadap gen
tersebut
2. Pasien sebagai komoditas
Pasien dengan kecenderungan terhadap penyakit tertentu dapat diketahui,
sehingga mudah sekali bagi perusahaan oba untuk menawarkan produknya.
3. Mencari potensi gen
Potensi dari sebuah gen sangat beragam, bergantung pada ekspresi gen
tersebut. Aplikasi lebih lanjut dapat berupa transgenik, terapi genetik,
atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan geneik lainnya.
Bioinformatika Di Indonesia
Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan
bioinformatika sudah diajarkan dibeberapa perguruan tinggi di Indonesia.
Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah “Pengantar
Bioinformatika” untuk program Sarjana dan mata kuliah Bioinformatikan
untuk program Pascasarjana (www.id.wikipedia.org)
Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata
kuliah “Pengantar Bioinformatika”. Mata kuliah “Bioinformatika”
diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas
Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah “Proteomik dan Bioinformatika”
termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada
(UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus
beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,
biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain
itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah
dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program
pascasarjana biologi serta bioteknologi IP
Today Deal $50 Off :
https://goo.gl/efW8Ef
Cabang-cabang
Bioninformatika
Dari pengertian Bioinformatika yang telah dijelaskan, kita dapat
menemukan banyak terdapat banyak cabang-cabang disiplin ilmu yang
terkait dengan Bioinformatika, terutama karena bioinformatika itu
sendiri merupakan suatu bidang interdisipliner. Hal tersebut menimbulkan
banyak pilihan bagi orang yang ingin mendalami Bioinformatika.
1. Biophysics
Adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik
dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British
Biophysical Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika
karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur
membutuhkan penggunaan TI
2. Computational Biology
Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti
yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik.
Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan
biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel(Attwood, T.K.,
dan D.J. Parry-Smith. 1999)
3. Medical Informatics
Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics
adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai
pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma
untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi
medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma
untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri.
Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan
dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
4. Cheminformatics
Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan
biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan
pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual
Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI untuk
merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang
terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan
merupakan suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli
biokimia(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999
5. Genomics
Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom,
kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha
untukmenganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu
spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan
genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari
gen di dalam genom yang representatif (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999)
6. Mathematical Biology
Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun
metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu
secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun
hardware (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology
melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan
sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan
tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul (Attwood,
T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
7. Proteomics
Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan
dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn
[DUNN2004], mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin
complement of the genOME“. Dan mendefinisikan proteomicsberkaitan
dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level
dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka
antara biokimia protein dengan biologi molekul” (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
8. Pharmacogenomics
Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi
pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring
semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara
Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di
dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun
dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam
tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan
untuk mengejar target potensial terapi kanker) (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
Istilah pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih
“trivial” — tetapi dapat diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi
pendekatan Bioinformatika pada pengkatalogan dan pemrosesan informasi
yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan Genetika, untuk contohnya adalah
pengumpulan informasi pasien dalam database (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
9. Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan
metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan
genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik
dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi
tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi
pengobatan (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Gambaran dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika
di atas memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang
sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya.
Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan
disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Beberapa aplikasi bioinformatika
1. Transformasi sekuen menjadi informasi genetik.
Intinya adalah menjual data, dalam bentuk gen komplit, atau fragmen,
yang dapat digunakan oleh pihak lain untuk mencari potensi terhadap gen
tersebut
2. Pasien sebagai komoditas
Pasien dengan kecenderungan terhadap penyakit tertentu dapat diketahui,
sehingga mudah sekali bagi perusahaan oba untuk menawarkan produknya.
3. Mencari potensi gen
Potensi dari sebuah gen sangat beragam, bergantung pada ekspresi gen
tersebut. Aplikasi lebih lanjut dapat berupa transgenik, terapi genetik,
atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan geneik lainnya.
Bioinformatika Di Indonesia
Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan
bioinformatika sudah diajarkan dibeberapa perguruan tinggi di Indonesia.
Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah “Pengantar
Bioinformatika” untuk program Sarjana dan mata kuliah Bioinformatikan
untuk program Pascasarjana (www.id.wikipedia.org)
Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata
kuliah “Pengantar Bioinformatika”. Mata kuliah “Bioinformatika”
diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas
Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah “Proteomik dan Bioinformatika”
termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada
(UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus
beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,
biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain
itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah
dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program
pascasarjana biologi serta bioteknologi IPB
Today Deal $50 Off :
https://goo.gl/efW8Ef
Cabang-cabang
Bioninformatika
Dari pengertian Bioinformatika yang telah dijelaskan, kita dapat
menemukan banyak terdapat banyak cabang-cabang disiplin ilmu yang
terkait dengan Bioinformatika, terutama karena bioinformatika itu
sendiri merupakan suatu bidang interdisipliner. Hal tersebut menimbulkan
banyak pilihan bagi orang yang ingin mendalami Bioinformatika.
1. Biophysics
Adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik
dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British
Biophysical Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika
karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur
membutuhkan penggunaan TI
2. Computational Biology
Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti
yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik.
Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan
biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel(Attwood, T.K.,
dan D.J. Parry-Smith. 1999)
3. Medical Informatics
Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics
adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai
pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma
untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi
medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma
untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri.
Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan
dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
4. Cheminformatics
Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan
biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan
pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual
Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI untuk
merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang
terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan
merupakan suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli
biokimia(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999
5. Genomics
Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom,
kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha
untukmenganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu
spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan
genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari
gen di dalam genom yang representatif (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999)
6. Mathematical Biology
Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun
metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu
secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun
hardware (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology
melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan
sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan
tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul (Attwood,
T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
7. Proteomics
Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan
dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn
[DUNN2004], mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin
complement of the genOME“. Dan mendefinisikan proteomicsberkaitan
dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level
dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka
antara biokimia protein dengan biologi molekul” (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
8. Pharmacogenomics
Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi
pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring
semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara
Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di
dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun
dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam
tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan
untuk mengejar target potensial terapi kanker) (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
Istilah pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih
“trivial” — tetapi dapat diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi
pendekatan Bioinformatika pada pengkatalogan dan pemrosesan informasi
yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan Genetika, untuk contohnya adalah
pengumpulan informasi pasien dalam database (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
9. Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan
metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan
genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik
dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi
tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi
pengobatan (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Gambaran dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika
di atas memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang
sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya.
Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan
disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Beberapa aplikasi bioinformatika
1. Transformasi sekuen menjadi informasi genetik.
Intinya adalah menjual data, dalam bentuk gen komplit, atau fragmen,
yang dapat digunakan oleh pihak lain untuk mencari potensi terhadap gen
tersebut
2. Pasien sebagai komoditas
Pasien dengan kecenderungan terhadap penyakit tertentu dapat diketahui,
sehingga mudah sekali bagi perusahaan oba untuk menawarkan produknya.
3. Mencari potensi gen
Potensi dari sebuah gen sangat beragam, bergantung pada ekspresi gen
tersebut. Aplikasi lebih lanjut dapat berupa transgenik, terapi genetik,
atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan geneik lainnya.
Bioinformatika Di Indonesia
Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan
bioinformatika sudah diajarkan dibeberapa perguruan tinggi di Indonesia.
Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah “Pengantar
Bioinformatika” untuk program Sarjana dan mata kuliah Bioinformatikan
untuk program Pascasarjana (www.id.wikipedia.org)
Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata
kuliah “Pengantar Bioinformatika”. Mata kuliah “Bioinformatika”
diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas
Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah “Proteomik dan Bioinformatika”
termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada
(UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus
beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,
biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain
itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah
dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program
pascasarjana biologi serta bioteknologi IPB
Today Deal $50 Off :
https://goo.gl/efW8Ef
Cabang-cabang
Bioninformatika
Dari pengertian Bioinformatika yang telah dijelaskan, kita dapat
menemukan banyak terdapat banyak cabang-cabang disiplin ilmu yang
terkait dengan Bioinformatika, terutama karena bioinformatika itu
sendiri merupakan suatu bidang interdisipliner. Hal tersebut menimbulkan
banyak pilihan bagi orang yang ingin mendalami Bioinformatika.
1. Biophysics
Adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik
dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British
Biophysical Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika
karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur
membutuhkan penggunaan TI
2. Computational Biology
Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti
yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik.
Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan
biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel(Attwood, T.K.,
dan D.J. Parry-Smith. 1999)
3. Medical Informatics
Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics
adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai
pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma
untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi
medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma
untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri.
Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan
dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
4. Cheminformatics
Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan
biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan
pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual
Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI untuk
merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang
terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan
merupakan suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli
biokimia(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999
5. Genomics
Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom,
kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha
untukmenganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu
spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan
genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari
gen di dalam genom yang representatif (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999)
6. Mathematical Biology
Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun
metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu
secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun
hardware (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology
melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan
sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan
tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul (Attwood,
T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
7. Proteomics
Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan
dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn
[DUNN2004], mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin
complement of the genOME“. Dan mendefinisikan proteomicsberkaitan
dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level
dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka
antara biokimia protein dengan biologi molekul” (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
8. Pharmacogenomics
Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi
pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring
semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara
Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di
dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun
dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam
tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan
untuk mengejar target potensial terapi kanker) (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
Istilah pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih
“trivial” — tetapi dapat diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi
pendekatan Bioinformatika pada pengkatalogan dan pemrosesan informasi
yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan Genetika, untuk contohnya adalah
pengumpulan informasi pasien dalam database (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
9. Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan
metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan
genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik
dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi
tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi
pengobatan (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Gambaran dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika
di atas memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang
sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya.
Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan
disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Beberapa aplikasi bioinformatika
1. Transformasi sekuen menjadi informasi genetik.
Intinya adalah menjual data, dalam bentuk gen komplit, atau fragmen,
yang dapat digunakan oleh pihak lain untuk mencari potensi terhadap gen
tersebut
2. Pasien sebagai komoditas
Pasien dengan kecenderungan terhadap penyakit tertentu dapat diketahui,
sehingga mudah sekali bagi perusahaan oba untuk menawarkan produknya.
3. Mencari potensi gen
Potensi dari sebuah gen sangat beragam, bergantung pada ekspresi gen
tersebut. Aplikasi lebih lanjut dapat berupa transgenik, terapi genetik,
atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan geneik lainnya.
Bioinformatika Di Indonesia
Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan
bioinformatika sudah diajarkan dibeberapa perguruan tinggi di Indonesia.
Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah “Pengantar
Bioinformatika” untuk program Sarjana dan mata kuliah Bioinformatikan
untuk program Pascasarjana (www.id.wikipedia.org)
Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata
kuliah “Pengantar Bioinformatika”. Mata kuliah “Bioinformatika”
diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas
Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah “Proteomik dan Bioinformatika”
termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada
(UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus
beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,
biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain
itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah
dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program
pascasarjana biologi serta bioteknologi IPB
Today Deal $50 Off :
https://goo.gl/efW8Ef
Cabang-cabang
Bioninformatika
Dari pengertian Bioinformatika yang telah dijelaskan, kita dapat
menemukan banyak terdapat banyak cabang-cabang disiplin ilmu yang
terkait dengan Bioinformatika, terutama karena bioinformatika itu
sendiri merupakan suatu bidang interdisipliner. Hal tersebut menimbulkan
banyak pilihan bagi orang yang ingin mendalami Bioinformatika.
1. Biophysics
Adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-teknik
dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British
Biophysical Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika
karena penggunaan teknik-teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur
membutuhkan penggunaan TI
2. Computational Biology
Computational biology merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti
yang paling luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik.
Fokus dari computational biology adalah gerak evolusi, populasi, dan
biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel(Attwood, T.K.,
dan D.J. Parry-Smith. 1999)
3. Medical Informatics
Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA2004] Pengertian dari medical informatics
adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai
pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma
untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi
medis.” Medical informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma
untuk pengolahan data medis, dibandingkan dengan data itu sendiri.
Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis, kemungkinan besar berkaitan
dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
4. Cheminformatics
Cheminformatics adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan
biologis, dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan
pengembangan obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual
Cheminformatics conference). Kemungkinan penggunaan TI untuk
merencanakan secara cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang
terkait dengan sintesis kimiawi dari komponenkomponen pengobatan
merupakan suatu prospek yang sangat menarik bagi ahli kimia dan ahli
biokimia(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999
5. Genomics
Genomics adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom,
kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha
untukmenganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu
spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan
genom-genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari
gen di dalam genom yang representatif (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999)
6. Mathematical Biology
Mathematical biology juga menangani masalah-masalah biologi, namun
metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu
secara numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun
hardware (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology
melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan
sesuatu yang beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan
tidak perlu berguna dalam menganalisis data yang terkumpul (Attwood,
T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999)
7. Proteomics
Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan himpunan
dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn
[DUNN2004], mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin
complement of the genOME“. Dan mendefinisikan proteomicsberkaitan
dengan: “studi kuantitatif dan kualitatif dari ekspresi gen di level
dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu: “sebuah antarmuka
antara biokimia protein dengan biologi molekul” (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
8. Pharmacogenomics
Pharmacogenomics adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi
pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring
semua genom untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara
Bioinformatika, atau dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di
dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau maupun
dengan memeriksa karakteristik pola-pola ekspresi yang ditemukan dalam
tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan diagnosa (kemungkinan
untuk mengejar target potensial terapi kanker) (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
Istilah pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih
“trivial” — tetapi dapat diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi
pendekatan Bioinformatika pada pengkatalogan dan pemrosesan informasi
yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan Genetika, untuk contohnya adalah
pengumpulan informasi pasien dalam database (Attwood, T.K., dan D.J.
Parry-Smith. 1999.)
9. Pharmacogenetics
Pharmacogenetics adalah bagian dari pharmacogenomics yang menggunakan
metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-hubungan
genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik
dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi
tersebut untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi
pengobatan (Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Gambaran dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika
di atas memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang
sangat luas dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya.
Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan
disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan
(Attwood, T.K., dan D.J. Parry-Smith. 1999.)
Beberapa aplikasi bioinformatika
1. Transformasi sekuen menjadi informasi genetik.
Intinya adalah menjual data, dalam bentuk gen komplit, atau fragmen,
yang dapat digunakan oleh pihak lain untuk mencari potensi terhadap gen
tersebut
2. Pasien sebagai komoditas
Pasien dengan kecenderungan terhadap penyakit tertentu dapat diketahui,
sehingga mudah sekali bagi perusahaan oba untuk menawarkan produknya.
3. Mencari potensi gen
Potensi dari sebuah gen sangat beragam, bergantung pada ekspresi gen
tersebut. Aplikasi lebih lanjut dapat berupa transgenik, terapi genetik,
atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan geneik lainnya.
Bioinformatika Di Indonesia
Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan
bioinformatika sudah diajarkan dibeberapa perguruan tinggi di Indonesia.
Sekolah Ilmu dan Teknologi Hayati ITB menawarkan mata kuliah “Pengantar
Bioinformatika” untuk program Sarjana dan mata kuliah Bioinformatikan
untuk program Pascasarjana (www.id.wikipedia.org)
Fakultas Teknobiologi Universitas Atma Jaya, Jakarta menawarkan mata
kuliah “Pengantar Bioinformatika”. Mata kuliah “Bioinformatika”
diajarkan pada Program Pascasarjana Kimia Fakultas MIPA Universitas
Indonesia (UI), Jakarta. Mata kuliah “Proteomik dan Bioinformatika”
termasuk dalam kurikulum program S3 bioteknologi Universitas Gadjah Mada
(UGM), Yogyakarta. Materi bioinformatika termasuk di dalam silabus
beberapa mata kuliah untuk program sarjana maupun pascasarjana biokimia,
biologi, dan bioteknologi pada Institut Pertanian Bogor (IPB). Selain
itu, riset-riset yang mengarah pada bioinformatika juga telah
dilaksanakan oleh mahasiswa program S1 Ilmu Komputer maupun program
pascasarjana biologi serta bioteknologi IPB
Today Deal $50 Off :
https://goo.gl/efW8Ef
